Открытие школы рабочей молодежи было обосновано ситуацией в разрушенной войной стране, где люди уже думали о будущей мирной жизни, и о том, что скоро стране понадобятся грамотные кадры.
9 октября 1943 года по приказу Краснодарского городского отдела народного образования за №96 в первый раз школа встретила своих учеников. Тысячи молодых и взрослых людей сели за парты по всей стране. С этого времени ведет начало открытая (сменная) общеобразовательная школа №3.
Государство организовало новый тип учебно-воспитательных заведений, новый тип общеобразовательной школы, который давал возможность продолжить и завершить учебу уже трудящимися юношам и девушкам.
9 октября 1943 года в городе Краснодаре была создана сеть вечерних школ.
Первым директором средней школы рабочей молодежи № 3 был Александр Васильевич Важин, он преподавал химию и руководил школой до 1951 года.
С 1975 по 2000 капитанскую вахту у штурвала школы несла Людмила Петровна Пантелеева. Ветеран труда, Отличник народного просвещения, заслуженный учитель СССР, учитель русского языка и литературы. Под руководством Людмилы Петровны школа стала базовой школой при краевом институте совершенствования учителей, где ежегодно для директоров вечерних школ Краснодарского края проводились семинарские занятия и давались открытые уроки по всем учебным предметам.
Людмила Петровна стояла у основ внедрения системы непрерывного образования: ученики вечерней школы одновременно со средним образованием получали профессиональное образование по специальностям: младшая медсестра, продавец, повар, автослесарь, бухгалтер. Система образования тогда была двухгодичной.
Количество учащихся в школе достигало 1000 человек, не смотря на то, что в те годы в Краснодаре работали еще 5 вечерних школ.
В 1999 году приказом отдела образования Западного округа города Краснодара от 02.11.1999 №16-у школа рабочей молодежи №3 переименована в открытую (сменную) общеобразовательную школу №3.
С 2000 по 2002 год школу возглавил Виктор Михайлович Кирильчук. Виктор Михайлович являлся депутатом Верховного Совета Якутской АССР, заместителем министра образования республики Якутия. Награжден медалью «За доблестный труд», имеет звание «Ветеран труда».
С 2002 по 2005 директором школы работала Валентина Ивановна Пилипенко. Учитель истории и обществознания. В настоящее время преподает историю в краснодарской гимназии №3.
В 2005 году директором школы стала Наталья Юрьевна Хасанова. При ее руководстве произошла реорганизация и объединение трех краснодарских вечерних школ путем слияния в одну. К МБОУ О(С)ОШ №3 присоединились в 2012 году МБОУ О(С)ОШ №2, а в 2014 МБОУ В(С)ОШ №6, к которой ранее, в 2010 году, присоединена МОУ В(С)ОШ №9.
Под руководством Натальи Юрьевны школа перешла на новый учебный план, появились новые учебные предметы, значительно расширился перечень факультативных и элективных занятий. Когда в 2008 году школа перебиралась из старого здания, расположенного по ул. Будённого, в здание, расположенное по адресу: ул. Северная, 269, большие усилия коллектива были направлены на проведение ремонта и создание уюта в новом доме. Наталья Юрьевна награждена нагрудным знаком «Почетный работник общего образования Российской Федерации».
Нашей школе есть, чем гордиться: своими достижениями, считая успехом получение аттестатов учениками, имеющими большой перерыв в образовании и вернувшимися за парту, почувствовав потребность и необходимость в образовании. Многие из них пополняют ряды квалифицированных рабочих и служащих, руководителей среднего звена, что вполне соответствует задачам, которые ставит перед обществом государство.
На протяжении многих лет учащиеся школы стопроцентно преодолевают порог успешности на ЕГЭ по русскому языку и математике, показывают высокие результаты обучения по общеобразовательным предметам, получают аттестаты с отличием и медали "За особые успехи в учении", являются победителями предметных олимпиад различных уровней.
В течение всего периода в МКОУ О(С)0Ш № 3 проводится воспитательная работа: стало доброй традицией проводить месячник оборонно-массовой работы и военно-патриотического воспитания. За этот период проводится большое количество самых разнообразных мероприятий, уделяется огромное внимание просветительской деятельности, взаимодействию с советом ветеранов, работе с допризывной молодежью, волонтерской деятельности. Ребята посещают памятные места, выезжают в госпиталь к ветеранам. Особое внимание уделяется творческой деятельности школьников.
В 2021 году школа преобразована в среднюю общеобразовательную школу № 97.
